刘成跟我来，领进去，又说：'你打了，我救得你。'"案情似乎比较清楚了，太监庞保、刘成是主使之人。然而，太监何以要杀太子朱常洛？幕后定然还有更深的主使者。庞保、刘成二人，都是郑贵妃翊坤宫的有权太监。明眼人一看都明白此事的究竟。这时候，大臣们所上的奏疏纷纷，其中多涉及外戚。当然，大臣们都没有直接指向郑国泰，然而郑国泰竟然按捺不住，在五月二十一日写了一个揭帖，表明自己的清白。这一举动，让给事中何士晋抓住了辫子。何士晋说："陆大受疏内虽有身犯奸畹凶锋之语，……并未直指国泰主谋。此时张差之口供未具，刑曹之勘疏未成，国泰岂不能从容少待，辄尔具揭张惶，人遂不能无疑。"郑国泰的一个愚蠢行为，直接将自己卷入此事，实是不打自招。郑贵妃的嫌疑从而更为明显了。
事情牵涉到郑贵妃，神宗遂不愿事态进一步扩大。郑贵妃则日夜向神宗哭泣。神宗深知此事牵涉到太子，非太子朱常洛不能解。于是，神宗命郑贵妃去见太子朱常洛。贵妃见太子后，"辨甚力"，极力为自己开脱，并向太子下拜。太子亦拜，且拜且泣，坐在旁边的神宗据说也"掩泣"，忍不住哭了出来。我们想，太子之泣，或是由于得不到父爱的关心而且身处危险的境地，感怀身世，不得不哭；而神宗之泣，或者是动了舔犊之情，毕竟朱常洛是自己的儿子。这件事，最后由皇帝带着皇太子、皇孙、皇孙女一起面见大臣们而了结。
五月二十八日，皇帝在慈宁宫慈圣太后灵前召见诸大臣。神宗穿白袍白冠，西向而坐；朱常洛穿青袍，侍立于神宗右侧；皇孙、皇孙女四人一字排列于左边阶下。神宗拉着皇太子的手说："你每（们）都看见否？如此儿子，谓我不加爱护，譬如尔等有子如此长成，能不爱惜乎？" 说着让太监们将皇孙、皇孙女引上石级，让大臣们仔细瞧瞧，且说："朕诸孙都已长成，还有什么说的！"回头对朱常洛说："你有什么话，跟大臣们都说出来，别顾忌。"朱常洛道："似此（张差）疯颠之人，决了便罢，不必株连。"又说："我父子何等亲爱！外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。"这样，皇帝与受害人朱常洛，都为梃击一案定了调子，也就是将张差以疯颠处理，不必株连太多。
诸臣追查此案，原是为太子的安危考虑，既然太子这样说，事情也就这样定了下来。第二天，即五月二十九日，张差被凌迟处死。接着，刑部、都察院、大理寺三法司会审庞保、刘成。此时张差已死，死无对证，庞、刘二人遂抵死不愿承认。审讯时，皇太子朱常洛再下谕旨："庞保、刘成身系内官，虽欲加害本宫，于保、成何益？料保、成素必凌虐于（张）差，今差放肆行报复之谋，诬保、成以主使之条。"竟为庞保、刘成二人开脱。六月一日，神宗密令太监将庞保、刘成处死，梃击一案的最后线索被掐断，也就再无从查起。
梃击一案，今天看来，必然与郑贵妃脱不了干系。郑贵妃想要加害朱常洛，便通过太监庞保、刘成寻找张差这一类鲁莽、弱智、状似疯颠之人行事，目的就是想在事情败露之后可以借张差疯颠之事掩蔽主谋之人。谋杀皇太子这样的罪行，稍有理智的人恐怕就不敢做，也就是张差这样的半疯颠的人敢做。因此，张差的疯颠，看来不假；而郑贵妃想借张差梃击皇太子朱常洛，恐怕也确有其事。要不然，郑贵妃为什么要向朱常洛下拜？神宗为什么要秘密处死刘成、庞保？当然，这件事情的最后解决，确是因为皇太子朱常洛温驯的性格决定了他不愿意扩大事态。于是，最后大事化小，小事化了。不过，此后的郑贵妃，似乎收敛了许多，倒一味地讨好朱常洛起来。
郑贵妃讨好朱常洛的手段，主要是向朱常洛进献美女。朱常洛自从做了太子之后，由于离开了母亲的约束，加上父亲朱翊钧对自己的冷淡，生活失意，精神苦闷。所以，大部分的时间，他都是纵情于酒色。万历四十一年（1613）皇太子妃郭氏去世以后，朱常洛就没有再立妃子。这可能是因为册封皇太子妃需要得到皇帝的批准，而神宗对于朱常洛基本上是不闻不问的。因此，在慈庆宫中，虽然有很多的女人，但却没有皇太子妃。也许，没有皇太子妃，对于朱常洛来说更是自由。万历四十八年（1620）七月二十一日，神宗病逝。八月初一，朱常洛即皇帝位，宣布次年改元泰昌。
应当说，朱常洛初即位的时候，是想做一个有为之君的。当初神宗大行敛财，宫中留有大量的银两。朱常洛在七月二十二日至八月一日之间，连续两次发内帑共计 160万两，用来赏赐在辽东及北方的前线防军。同时，朱常洛命令撤回万历末年引起官怨民愤的矿监和税监，召回在万历一朝因为上疏言事而遭处罚的大臣，补用空缺的官职。像邹元标、王德完等一些正直敢言的大臣，先后下诏召回。这一切，都预示着新的政治面貌即将出现。然而，宫中的郑贵妃似乎仍是朱常洛无法摆脱的阴影。他非但没有胆量去追查当年郑贵妃对自己的迫害，反而处处以先皇为借口，优待郑贵妃。
神宗弥留之时，曾遗言于朱常洛，要朱常洛封郑贵妃为皇后。神宗离世的次日，朱常洛传谕内阁："父皇遗言：'尔母皇贵妃郑氏，侍朕有年，勤劳茂著，进封皇后。'卿可传示礼部，查例来行。"此时，神宗原来的王皇后以及朱常洛的生母王氏都已经去世，郑贵妃一旦变成皇后，在接下来的泰昌朝中，她就可能变成皇太后。礼部右侍郎孙如游上疏给朱常洛说："臣详考历朝典故，并无此例。"既然朱常洛另有生母，郑贵妃怎么能封为皇后呢？朱常洛对此感到十分为难，于是将奏疏留中不发。后来，在八月二十日，朱常洛收回了封郑贵妃为皇太后的成命。
郑贵妃担心朱常洛会因前嫌而报复自己，采取了两方面的措施：一是勾结朱常洛所宠幸的李选侍，请求朱常洛立李选侍为皇后，李选侍则投桃报李，请朱常洛封郑贵妃为皇太后；一是向朱常洛进献美女，以取悦于朱常洛。朱常洛对于郑贵妃送来的美女，照单全收。据《明史》的说法，郑贵妃送来的美女数目是8名；《明史纪事本末》说是4名。但无论如何，喜爱美色的朱常洛面对美女，自然是夜夜纵乐。本来就因为生活压抑而虚弱的身体，骤然要承担如此多的政事，又贪恋美色，"退朝内宴，以女乐承应"，"一生二旦，俱御幸焉"，由是基本上累垮了。到八月初十日，身体就不行了，召医官陈玺诊视。八月十二日，一心想做一个好皇帝的朱常洛拖着病体接见大臣。大臣们见到皇帝形容憔悴，"圣容顿减"。十四日，便发生了崔文升进药事件。
崔文升本是郑贵妃宫中的亲信太监。朱常洛即位以后，升崔文升为司礼监秉笔太监，兼掌御药房。朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌御药房太监的身份向皇帝进"通利药"，即大黄。大黄的药性是攻积导滞，泻火解毒，相当于泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。后来，廷臣们对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对崔文升进行猛烈的抨击。给事中杨涟说："贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。
皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。"杨涟认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，其心叵测。当时，朱常洛的生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家两家外戚都认为其中必有阴谋，遍谒朝中大臣，哭诉宫禁凶危之状："崔文升药，故也，非误也！" 八月二十二日，朱常洛召见首辅方从哲等大臣，六品的给事中杨涟也在召见之列。朱常洛看了杨涟很久，说："国家事重，卿等尽心。朕自加意调理。"之后，朱常洛下令，将崔文升逐出皇宫。八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼说有仙丹要呈献给皇上。太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲。方从哲说："彼称仙丹，便不敢信。"接着，内阁大臣们进乾清宫探视朱常洛。
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